Health Data Hub Is Hiring!

Interne pour alignement de terminologies H/F

À propos

L'objectif du Health Data Hub est de permettre d'accéder de manière facilitée, unifiée, transparente et sécurisée à un catalogue de bases de données de santé françaises pour des projets de recherche d’intérêt public. Nous accompagnons des porteurs de projets innovants qui contribuent à trouver les solutions de demain pour améliorer la santé de tous les citoyens.

Comment ?
Le Health Data Hub a mis en place une plateforme technologique qui met à disposition des porteurs de projets d’intérêt public, dans un environnement technologique sécurisé et à l’état de l’art, les données de santé pseudonymisées des français. Ces porteurs de projets vont mobiliser des sources de données très volumineuses, les croiser entre elles, et utiliser une puissance de calcul pour faire tourner des algorithmes de recherche complexes. Il s’agit par exemple de projets de start-up pour améliorer des logiciels d’aide au professionnel de santé, de projets permettant d’améliorer la prise en charge des patients en comparant l’efficacité de prise en charge, de projets portés par les administrations pour éclairer les politiques publiques.

Descriptif du poste

En 2021, l’Agence européenne du médicament (EMA) a lancé un appel à manifestation d'intérêt (AMI) pour constituer une base de données multicentriques documentées, avec une identification précise des médicaments consommés par les patients de la cohorte. Le Health Data Hub a répondu à cet AMI en collaboration avec quatre établissements de santé : les Hospices Civils de Lyon (HCL), le Centre Léon Bérard (CLB), le Centre Hospitalier Régional Universitaire (CHRU) de Nancy, le groupe hospitalier Paris Saint-Joseph, et deux partenaires scientifiques : l’université de Bordeaux (ISPED/BPE) et l’Agence du Numérique en Santé (ANS). 

Ces établissements de santé produisent des données de structure et de nature différentes, c’est pourquoi il est essentiel de les standardiser pour pouvoir les analyser conjointement par la suite. Pour ce faire, le standard OMOP-CDM (Observational medical outcomes partnership - Common Data Model) sera utilisé lors de cette étude. Il s’agit d’un modèle relationnel de bases de données de santé maintenu par le consortium OHDSI (Observational Health Data Sciences and Informatics), qui a pour objectif de rendre interopérables différentes bases d'analyse en santé, qu'elles soient cliniques ou médico-administratives.

Cette interopérabilité se traduit concrètement par la possibilité de partage de données, d'outils, de méthodes, d'études et de programmes entre les centres disposant d'une base au format OMOP-CDM.

Ce modèle de données contient une trentaine de tables centrées autour d’une table patient, permettant de reconstruire facilement les parcours patients. Il recommande de plus l’emploi de nomenclatures standardisées pour décrire les diagnostics, les actes médicaux, les médicaments, les examens paracliniques, etc., ce qui permet de rendre les bases de données interopérables aussi bien au niveau syntaxique que sémantique.

Figure : Schéma relationnel du modèle OMOP-CDM v5.3

La standardisation d’une base de données au format OMOP-CDM comporte quatre étapes : 

  1. Établir des règles de correspondance entre les données sources et les tables et variables du modèle OMOP-CDM

  2. Aligner les terminologies utilisées dans les données sources vers des terminologies reconnues comme standards par le modèle OMOP-CDM 

  3. Écrire les scripts transformant les données sources selon les règles établies précédemment

  4. Vérifier la qualité de la standardisation

DESCRIPTIF DE LA MISSION

Dans la standardisation des données des hôpitaux vers le format OMOP-CDM, vous interviendrez à l’étape 2) d’alignement des terminologies sources vers des terminologies standards. 

Les nomenclatures utilisées par les hôpitaux pour décrire leurs données cliniques et médico-administratives sont soit internes aux établissements, soit utilisées uniquement dans le système de santé français (ex : CCAM). Elles doivent alors être mappées vers des nomenclatures standards d’OMOP-CDM, telles que SNOMED-CT (diagnostics, procédures médicales, produits pharmaceutiques, dispositifs médicaux, etc.) ou RxNorm (médicaments). 

Cela signifie que pour chaque code source, il faut trouver un code standard qui ait un sens équivalent, en comparant les libellés des codes concernés. 

Par exemple, le code de procédure CCAM NBQK001 “Radiographie de la cuisse” peut être mappé vers le code SNOMED 204327002 “Radiography of thigh”. 

Ainsi, pour les codes des nomenclatures utilisés par les hôpitaux participants au projet, vous devrez trouver une ou plusieurs correspondances dans une nomenclature standard. 

Pour vous aider, vous utiliserez l’outil USAGI, développé par OHDSI, qui suggère une liste de codes standards correspondant à un code source, en se basant sur la ressemblance sémantique des libellés des codes. Ces propositions restent cependant une aide et induisent parfois en erreur, c’est pourquoi, il est aussi possible de chercher un code manuellement grâce à un moteur de recherche avec mots clés.

Vous serez aussi invités à revoir le travail d’alignement réalisé par vos collègues pour assurer la qualité du résultat final.

Concrètement, ce travail s’articule en 3 parties : 

  1. Traduction des libellés des codes sources en anglais. Les nomenclatures sources sont françaises, il est nécessaire de traduire les libellés des codes vers l’anglais

  2. Mapping des codes sources vers des codes standards, avec l’aide de l’outil USAGI (un guide sera fourni)

  3. Relecture de ces alignements par une deuxième personne

Pour cette mission, les terminologies que vous devrez aligner décrivent des médicaments et/ou des tests de biologie et/ou des procédures médicales.

Profil recherché

Compétences techniques

  • Vous avez de bonnes connaissances des termes médicaux employés dans les terminologies françaises de diagnostics, procédures/actes, médicaments, examens de biologie médicale, etc.

  • Vous avez une bonne connaissance de l’anglais dans ce domaine. Vous devrez en effet traduire les libellés des codes sources en anglais, puis les comparer aux libellés des codes standards, en anglais aussi en tant que codes internationaux.

POURQUOI CHOISIR LE HEALTH DATA HUB ?

Vous êtes motivé(e) à rejoindre une équipe impliquée dans un projet ambitieux, qui a du sens et une finalité d’intérêt public ? Rejoignez-nous !

Notre structure récente, d’une centaine de collaborateurs/trices, a besoin de talents ayant les mêmes valeurs que celles du HDH : esprit d’entraide, sens des responsabilités, capacité d’adaptation et pragmatisme.

Ensemble, nous nous sommes engagés à :

  • Accompagner les porteurs de projet visant à analyser les données de santé pour le bien commun.

  • Construire et opérer une plateforme technologique pour leur offrir les meilleurs outils avec un très haut niveau de sécurité à respecter.

  • Réunir et mettre en forme les données au plus grand potentiel pour la recherche et l’innovation.

  • Promouvoir le partage des connaissances, des expertises et du savoir et diffuser une culture de la donnée de santé auprès de tous.

Bon à savoir: 

💪 Rejoindre le HDH c’est surtout participer à un projet enrichissant humainement, qui a du sens, avec un fort impact sociétal

🏆 Au HDH, on favorise la prise d’initiatives, dans une ambiance de challenge perpétuel,

😎 Et de la bonne humeur et un esprit d’équipe 

Mention d’information RGPD :

Le Health Data Hub (HDH), situé au 9 rue Georges Pitard 75015 Paris, traite vos données personnelles, en tant que responsable de traitement, dans le cadre du recrutement de son personnel. 

La fourniture de vos données personnelles est nécessaire au processus de recrutement et conditionne, en cas d’issue positive, la conclusion de votre contrat de travail. Si vous ne les fournissez pas, votre candidature ne pourra pas être prise en compte.

Vos données personnelles seront transmises à la Direction Générale du HDH, au Secrétariat Général du HDH, aux membres de la direction du HDH concernée par le poste proposé et, le cas échéant, aux membres de la Direction juridique. Elles sont aussi traitées par les sous-traitants du HDH. 

Elles seront conservées pendant le temps nécessaire au traitement de votre candidature, puis pendant deux ans à compter du dernier contact avec vous. Ce délai pourra être renouvelé une fois sur la base de votre consentement, qui peut être retiré à tout moment. 

Vos données sont traitées pour les objectifs suivants et pendant les durées de conservation associées : 

1/ Finalité 1 : Gestion du recrutement

  • Base légale : Exécution de mesures précontractuelles à la demande du candidat

  • Durée de conservation : Temps nécessaire au traitement de la candidature

2/ Finalité 2 : Maintien d’un vivier de candidats

  • Base légale : Intérêt légitime du HDH à faciliter ses recrutements en recontactant des candidats déjà rencontrés

  • Durée de conservation : 2 ans à compter du dernier contact avec le candidat, puis 2 ans supplémentaires si le candidat a donné son consentement

3/ Finalité 3 : Gestion du précontentieux et contentieux RH

  • Base légale : Intérêt légitime du HDH à défendre ses droits en justice, le cas échéant

  • Durée de conservation : 5 ans à compter de la fin du processus de recrutement

Vous disposez d’un droit d’accès, de rectification, à l’effacement de vos données et du droit à la limitation de leur traitement. Vous avez également la possibilité de vous opposer aux traitements relevant des intérêts légitimes du HDH, sous réserve d’invoquer des motifs qui vous sont particuliers. Enfin, vous pouvez retirer à tout moment votre consentement à la conservation de vos données personnelles au-delà de deux ans.  

Vous pouvez exercer ces droits en contactant le DPO du HDH à l’adresse dpd@health-data-hub.fr.

Dans le cas où vous ne seriez pas satisfait de la gestion de vos données personnelles par le HDH, vous pouvez introduire une réclamation auprès de la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés (CNIL).

Process de recrutement

Après avoir postulé, le recrutement se déroulera de la manière suivante : 

  • Un entretien avec mise en situation

Informations complémentaires

  • Type de contrat : CDD / Temporaire (4 à 8 mois)
  • Lieu : Paris
  • Télétravail ponctuel autorisé

Vous êtes intéressé par cette offre ?

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